1999-2000 öğretim yılında Tekirdağ Fen Lisesi adıyla öğretime açılan ve ilk mezunlarını 2001-2002 öğretim yılında veren okulumuz, 2007-2008 öğretim yılında Millî Piyango İdaresi tarafından yaptırılan yeni binasına taşınmış, adı da Tekirdağ Millî Piyango Fen Lisesi olarak değiştirilmiştir. Daha sonra "Milli Piyango " adını taşıyan eğitim kurumlarına 2011 Van Depreminde hayatını kaybeden öğretmenlerin isimlerinin verilmesi ile, okulumuzun adı "Ebru Nayim Fen Lisesi" olarak değişmiştir.
Tekirdağ Hürriyet Mahallesi, Fatih Sultan Mehmet Bulvarı, Öğretmenler Caddesi üzerinde yer alan okulumuz; eğitim-öğretim binası, pansiyon binası ve kapalı spor salonu olmak üzere üç bölümden oluşmaktadır. Sınavla öğrenci alan okulumuz, LGS sınavında başarılı sonuçlar elde eden öğrencilerin girmeye hak kazandığı karma gündüzlü ve Erkek yatılı olarak öğretim yapan bir okuldur. Her yıl sınavla 120 öğrenci kayıt alan okulumuzda il merkezinin yanı sıra çevre il ve ilçelerden gelen öğrenciler öğrenim görmektedir. Sınıflarımızdaki öğrenci sayısı Fen Liseleri Yönetmeliği gereği 30'dur. Ağırlıklı olarak tıp ve mühendislik alanlarında eğitim veren yükseköğretim kurumlarını tercih eden öğrencilerimiz, girdikleri sınavlarda başarılı sonuçlar elde ederek Türkiye'nin önde gelen üniversitelerinde okumaya hak kazanmaktadırlar. Okulumuz, öğrencilerimizin bu başarılı sonuçlarına göre ülkemizdeki en başarılı liseler arasında yer almaktadır. Atatürk ilke inkılaplarının ışığında ve Türk Millî Eğitiminin Temel Amaçları doğrultusunda eğitim öğretim faaliyetlerini sürdüren okulumuzda her türlü çağdaş bilgi ve teknolojiden yararlanılmaktadır.